L'origine del manoscritto è ignota. Il volume nel 1626 era a Casteldurante nella biblioteca di Francesco Maria II Della Rovere, ultimo duca di Urbino; passò in seguito in eredità al Papato e nel 1631 fu trasferito ad Urbino, passando poi nella Biblioteca alessandrina e infine alla Biblioteca vaticana.
Il testo del trattato è una ricostruzione postuma di annotazioni e teorie di Leonardo da Vinci su aspetti teorici e pratici della pittura. Secondo Luca Pacioli il trattato della pittura era già concluso nel 1498, ma non esistono versioni complete del testo di mano di Leonardo.
Si suppone che l'autore della rielaborazione sia stato Francesco Melzi, che nel 1519 ereditò i manoscritti di Leonardo. Apparentemente una prima versione manoscritta circolava già nel 1542, come testimonia un acquisto fatto da Benvenuto Cellini.
«Avevo ritrovato alcune belle cose, fra le quali era un libro scritto in penna, copiato da uno del gran Lionardo da Vinci. Il detto libro avendolo un povero Gentiluomo, egli me lo dette per quindici scudi d'oro. Questo libro era di tanta virtù e di tanto bel modo di fare, secondo il mirabile ingegno del detto Lionardo (il quale non credo mai che maggior uomo nascesse al mondo di lui) sopra le tre grandi arti Scultura, Pittura e Architettura. [...] Or tornando al libro, che io ebbi del detto Lionardo, in fra le altre mirabili cose, ch'erano in fu esso, trovai un Discorso della Prospettiva, il più bello, che mai fusse trovato da altro uomo al mondo; perchè le regole della Prospettiva mostrano solamente lo scortare della longitudine, e non quelle della latitudine, e altitudine. Il detto Lionardo aveva trovato le regole, e le dava ad intendere con tanta bella facilità e ordine, che ogni uomo che le vedeva, ne era capacissimo.»
