Dobrodružství, které začalo v knize Sirotčinec slečny Peregrinové pro podivné děti a pokračovalo v Podivném městě, spěje ke svému strhujícímu závěru v knize Knihovna duší. Šestnáctiletý Jacob v sobě objevuje novou výjimečnou schopnost a proplouvá dějinami, aby zachránil své podivné kamarády z přísně střežené pevnosti. Na cestě ho doprovází Emma Bloomová, dívka s ohněm v konečcích prstů, a Addison MacHenry, pes s nosem, který dokáže vyčenichat naše ztracené děti.
Cestují z Londýna současnosti do labyrintu uliček Ďáblova akru, nejmizernějšího slumu celé viktoriánské Anglie, kde bude o osudu všech podivných dětí rozhodnuto jednou provždy. Stejně jako předcházející díly i Knihovna duší v sobě spojuje vzrušující fantasy příběh s dosud nepublikovanými dobovými fotografiemi a přináší tak jedinečný čtenářský zážitek.